Auguste Genovesio
Bio-imagerie Computationnelle
et Bioinformatique
Cette équipe fait partie du Centre de Biologie Computationnelle.
Le projet de recherche de notre équipe est l’étude de la morphologie et de la dynamique cellulaires à grande échelle. Nous nous intéressons notamment à caractériser l’hétérogénéité morphologique des réponses cellulaires aux perturbations. Nous travaillons également à l’identification de facteurs mécaniques ou moléculaires de la morphologie, de l’organisation et de l’activité cellulaires. Dans cette optique, nous tentons d’une part de générer de nouvelles sources d’informations à grande échelle telles que de larges jeux d’images ou d’expression génique. D’autre part, nous interprétons ces grandes données pour produire et valider des modèles prédictifs. Parce que l’échelle des données ainsi produites nous contraint à des approches exclusivement automatisées et quantitatives, nous mettons au point des algorithmes et des outils d’analyse de grandes données d’images et NGS. Les membres de notre équipe regroupent un panel de compétences variées telles que l’apprentissage automatique et profond, l’informatique, les mathématiques appliquées, la biophysique et l’analyse génomique. Nous appliquons nos approches à des questions développées de manière autonome comme la compréhension de l’action de composés à visée thérapeutique avec le concours de nos collaborateurs de l’Institut Curie et de l’industrie pharmaceutique. Nous les appliquons également à des questions de biologie fondamentale grâce à une interaction forte avec nos collaborateurs de l’IBENS, du Collège de France et de l’ESPCI : notamment en génomique fonctionnelle, en biologie du développement ou en neuroscience.
Sélection de publications récentes
(Liste complete des publications et brevets ici)
Cell painting transfer increases screening hit rate
E. Cohen, M. Corbe, C. A. Franco, F. F. Vasconcelos, F. Perez, E. Del Nery, G. Bollot and A. Genovesio✉
2023, Biological Imaging, doi : 10.1017/S2633903X23000077
Evolution is not uniform along coding sequences
R. Bricout, D. Weil, D. Stroebel, A. Genovesio✉, H. Roest Crollius✉
2023, Molecular Biology and Evolution, doi : 10.1093/molbev/msad042
Super-Resolution through StyleGAN Regularized Latent Search
M. Gheizari, and A. Genovesio✉
2022, NeurIPS, Self-Supervised Learning - Theory and Practice
Unpaired Image-to-Image Translation with Limited Data to Reveal Subtle Phenotypes
A. Bourou, K. Daupin, V. Dubreuil, A. De Thonel, V. Lallemand-Mezger, and A. Genovesio✉
2022, NeurIPS, Self-Supervised Learning - Theory and Practice
Comparison of semi-supervised learning methods for High Content Screening quality control
U. Masud∗, E. Cohen∗, I. Bendidi, G. Bollot, and A. Genovesio✉
2022, ECCV, doi : 10.1007/978-3-031-25069-9_26
Revealing invisible cell phenotypes with conditional generative modeling
A. Lamiable*, T. Champetier*, F. Leonardi, E. Cohen, P. Sommer, D. Hardy, N. Argy, A. Massougbodji, E. Del Nery, G. Cottrell, Y.-J. Kwon✉, A. Genovesio✉
2022, preprint, doi : 10.1101/2022.06.16.496413v1
SAVGAN : Self-Attention based Generation of Tumour on Chip videos
S. Manandhar, I. Veith, M.-C. Parrini, A. Genovesio✉
2022, IEEE ISBI, pp. 1-5, doi : 10.1109/ISBI52829.2022.9761518
Non-convex cell epithelial modeling unveils cellular interactions
E. Laruelle and A. Genovesio✉
2022, IEEE ISBI, pp. 1-5, doi : 10.1109/ISBI52829.2022.9761452
Objective Comparison of High Throughput qPCR Data Analysis Methods
M. Bahin, M. Delagrange, Q. Viautour, J. Pouch, A. Ali Chaouche, B. Ducos✉ and A. Genovesio✉
2021, J Appl Bioinformat Computat Biol S Vol : 10 Issue : 4
Unraveling spatial cellular pattern by computational tissue shuffling
E. Laruelle, N. Spassky✉, A. Genovesio✉
2020, Communications Biology
In vivo large-scale analysis of Drosophila neuronal calcium traces by automated tracking of single somata
F Delestro*, L Scheunemann*, M Pedrezzani, P Tchenio, T Preat✉, A Genovesio✉
2020, Scientific Reports
Artificially decreasing cortical tension generates aneuploidy in mouse oocytes
I Bennabi, F Crozet, E Nikalayevich, A Chaigne, G Letort, M Manil-Ségalen, C Campillo, C Cadart, A Othmani, R Attia, A Genovesio, M-H Verlhac✉, M-E Terret✉
2020, Nature communications
Active Fluctuations of the Nuclear Envelope Shape the Transcriptional Dynamics in Oocytes
M Almonacid, A Al Jord, S El-Hayek, A Othmani, F Coulpier, S Lemoine, K Miyamoto, R Grosse, C Klein, T Piolot, P Mailly, R Voituriez, A Genovesio✉, M-H Verlhac✉
2019, Developmental Cell
PySpacell : A Python Package for Spatial Analysis of Cell Images.
F Rose, L Rappez, SH Triana, T Alexandrov, A Genovesio✉
2019, Cytometry Part A
Adult Neural Stem Cells and Multiciliated Ependymal Cells Share a Common Lineage Regulated by the Geminin Family Members
Ortiz-Álvarez G*, Daclin M*, Shihavuddin A, Lansade P, Fortoul A, Faucourt M, Clavreul S, Lalioti ME, Taraviras S, Hippenmeyer S, Livet J, Meunier A, Genovesio A, Spassky N✉
2019 Neuron
ALFA : annotation landscape for aligned reads
M Bahin*, B F Noel*, V Murigneux, C Bernard, L Bastianelli, H Le Hir, A Lebreton✉, A Genovesio✉
2019, BMC Genomics
Monitored eCLIP : high accuracy mapping of RNA-protein interactions
R Hocq*, J Paternina*, Q Alasseur,
2018, Nucleic Acid Research
Ependymal cilia beating induces an actin network to protect centrioles against shear stress
A Mahuzier, A Shihavuddin, C Fournier, P Lansade, M Faucourt, N Menezes, A Meunier, M Garfa-Traoré, M-F Carlier, R Voituriez, A Genovesio, N Spassky✉, N Delgehyr✉
2018, Nature Communications
High‐Throughput Optical Mapping of Replicating DNA
F De Carli*, N Menezes*, W Berrabah, V Barbe,
2018, Small Methods
Smooth 2D manifold extraction from 3D image stack
A Shihavuddin*, S Basu*, E Rexhepaj, F Delestro, N Menezes, SM Sigoillot, E Del Nery, F Selimi, N Spassky,
2017, Nature Communications
Compound Functional Prediction Using Multiple Unrelated Morphological Profiling Assays
F Rose*, S Basu*, E Rexhepaj, A Chauchereau, E Del Nery,
2017, SLAS Technology
Calibrated mitotic oscillator drives motile ciliogenesis
A Al Jord, A Shihavuddin, R Servignat d’Aout, M Faucourt, A Genovesio, A Karaiskou, J Sobczak-Thépot, N Spassky, A Meunier✉
2017, Science
Detection and tracking of overlapping cell nuclei for large scale mitosis analyses
Y Li*, F Rose*, F di Pietro, X Morin,
2016, BMC bioinformatics
