IBENS - ENS

Publications

Alice Lebreton — 2022-11-29T12:02:39Z

Interactions entre Listeria monocytogenes et son hôte

Petit TJP, Guette-Marquet S, Candat A, Viry A, Desprat N et Lebreton A.^‡ 2025 Virulence priming of Listeria monocytogenes inside replication-permissive endolysosomes. bioRxiv. doi : 10.1101/2025.09.02.673654.
Corre M, Boehm V, Besic V, Kurowska A, Viry A, Mohammad A, Sénamaud-Beaufort C, Thomas-Chollier M et Lebreton A.^‡ 2023 Alternative splicing induced by bacterial pore-forming toxins sharpens CIRBP-mediated cell response to Listeria infection. Nucleic Acids Res. 51(22):12459–12475.
Petit TJP et Lebreton A.^‡ 2022. (Revue) Adaptations of intracellular bacteria to vacuolar or cytosolic niches. Trends Microbiol. 30(8):736-748.
Peron-Cane C, Fernandez J-C, Leblanc J, Wingertsmann L, Gautier A, Desprat N^‡ et Lebreton A.^‡ 2020. Fluorescent secreted bacterial effectors reveal active intravacuolar proliferation of Listeria monocytogenes in epithelial cells. PLoS Pathogens 16(10):e1009001.
Besic V, Habibolahi F,* Noël B,* Rupp S, Genovesio A et Lebreton A.^‡ 2020. Coordination of transcriptional and translational regulations in human cells infected by Listeria monocytogenes. RNA Biol. 17(10):1492-1507.
Pagliuso A^‡, Tham TN, Allemand E, Robertin S, Dupuy B, Bertrand Q, Bécavin C, Koutero M, Najburg V, Nahori M-A, Tangy F, Stavru F, Bessonov S, Dessen A, Muchard C, Lebreton A, Komarova AV et Cossart P.^‡ 2019. An RNA-binding protein secreted by a bacterial pathogen modulates RIG-I signaling. Cell Host Microbe 26(6):823-35.
Lebreton A^‡ et Cossart P.^‡ 2017. (Revue) RNA– and protein–mediated control of Listeria monocytogenes virulence gene expression. RNA Biol. 14(5):460-70.
Duval M, Cossart P^‡ et Lebreton A.^‡ 2017. (Revue) Mammalian microRNAs and long noncoding RNAs in the host-bacterial pathogen crosstalk. Semin Cell Dev Biol. 65:11-19.
Lebreton A,* Stavru F,* Brisse S et Cossart P.^‡ 2016. (Compte-rendu de conférence) 1926–2016 : 90 years of listeriology. Microbes Infect. 18(12):711-23.
Lebreton A, Stavru F et Cossart P.^‡ 2015. (Revue) Organelle targeting during bacterial infection : Insights from Listeria. Trends Cell Biol. 5(6):330-338.
Cossart P^‡ et Lebreton A.^‡ 2014. (Revue) A trip in the “New Microbiology” with the bacterial pathogen Listeria monocytogenes. FEBS Lett. 588(15):2437-45.

Régulation de l'expression des gènes humains et outils d'analyse

Mida B, Lehmann N, Goïame R, Coulpier F, Bouhali K, Barbosa I, le Hir H, Thomas-Chollier M, Fischer E^‡ et Morin X.^‡ 2026 A low-level Cdkn1c/p57kip2 expression in spinal progenitors drives the transition from proliferative to neurogenic modes of division. EMBO Rep 27(2):433-470.
Hamraoui A, Onfroy A, Sénamaud-Beaufort C, Coulpier F, Lemoine S, Jourdren L et Thomas-Chollier M.^‡ 2025 A systematic benchmark of bioinformatics methods for single-cell and spatial RNA-seq Nanopore long-read data. bioRxiv. doi : 10.1101/2025.07.21.665920.
Hamraoui A, Jourdren L et Thomas-Chollier M.^‡ 2025 AsaruSim : a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow. Bioinformatics 41(3):btaf087.
Corre M et Lebreton A.^‡ 2023. (Revue) Regulation of cold-inducible RNA-binding protein (CIRBP) in response to cellular stresses. Biochimie 217:3-9.
Santana-Garcia W, Castro-Mondragon JA, Padilla-Gálvez M, Nguyen NTT, Elizondo-Salas A, Ksouri N, Gerbes F, Thieffry D, Vincens P, Contreras-Moreira B,^‡ van Helden J,^‡ Thomas-Chollier M^‡ et Medina-Rivera A.^‡ 2022 RSAT 2022 : regulatory sequence analysis tools. Nucleic Acids Res 50(W1):W670-W676
Bahin M,* Noël BF,* Murigneux V, Bernard C, Bastianelli L, Le Hir H, Lebreton A^‡ et Genovesio A.^‡ 2019. ALFA : annotation landscape for aligned reads. BMC Genomics. 20(1):250.
Lakisic G, Lebreton A,* Pourpre R,* Wendling O, Libertini E, Radford EJ, Le Guillou M, Champy MF, Wattenhofer-Donzé M, Soubigou G, Ait-Si-Ali S, Feunteun J, Sorg T, Coppée JY, Ferguson-Smith AC, Cossart P et Bierne H.^‡ 2016. Role of the BAHD1 chromatin-repressive complex in placental development and regulation of steroid metabolism. PLoS Genet. 12(3):e1005898.
Libertini E, Lebreton A, Lakisic G, Dillies M-A, Beck S, Coppée J-Y, Cossart P et Bierne H.^‡ 2015. Overexpression of the heterochromatinization factor BAHD1 in HEK293 cells differentially reshapes the DNA methylome on autosomes and X chromosome. Front Genet. 6:339.

Autre sujets de recherche en microbiologie ou virologie

Poydenot F, Lebreton A, Haiech J et Andreotti B. 2023. (Revue) At the crossroads of epidemiology and biology : Bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics. Biochimie 213:54-65.
Chekli Y, Peron-Cane C, Dell'Arciprete D, Allemand J-F, Li C, Ghigo J-M, Gautier A, Lebreton A, Desprat N et Beloin C. 2020. Visualizing the dynamics of exported bacterial proteins with the chemogenetic fluorescent reporter FAST. Sci Rep. 10(1):15791.
Aubry M, Wang W-A, Guyodo Y, Delacou E, Guignier JM, Espéli O, Lebreton A, Guyot F et Gueroui Z. 2020. Engineering E. coli for magnetic control and the spatial localization of functions. ACS Synth Biol. 9(11):3030-3041.

Publications destinées au grand public

Lebreton A. Depuis 2018. Chroniques « carte blanche » de biologie dans le cahier science et médecine du Monde.
Lebreton A. 2024. Peut-on faire revivre les dinosaures ? Dans : Jurassic Park et les sciences. Belin.
Simon A. et Lebreton A. 2023. Quel vivant voulons-nous pour demain ? Entretien croisé à l'occasion de la première Biennale du vivant.
Lebreton A. 2022. Les vies intracellulaires de Listeria : quand savoir nous aveugle. Cahiers de l'incertitude.
Reportage 2020. Étiqueter les protéines exportées par les bactéries invasives pour les suivre à la trace. Vu·es d'Ulm.
Lebreton A. 2020. Comment savons-nous de quoi nous sommes malades ? Vu·es d'Ulm.
Lebreton A, Bierne H et Cossart P. 2012. Les multiples stratégies de Listeria. Pour la Science (412):42-9.

‡ Auteurs ressources.
* Contribution équivalente.

Caroline Peron Cane

Alice Lebreton — 2018-02-22T15:58:44Z

Expérience de recherche

Depuis 2023	Spécialiste des applications chez BioAxial (Telight)
Fév. 2020-Jan. 2023	Post-doctorat en microbiologie Microbiologie dans l'équipe dirigée par Rut Carballido-López, Micalis, INRAE France.
Oct. 2015-Oct. 2019	Doctorat en Biophysique et Microbiologie, Laboratoire de Physique de l'ENS & Institut de Biologie de l'ENS, Paris, France. Responsables : Nicolas Desprat & Alice Lebreton “Suivi en temps réel de la sécrétion des facteurs de virulences bactériens.”
Oct.-Déc. 2013	Ingénieur d'études à la plateforme de génotypage sur microbilles à haut débit, Institut de Génétique et Microbiologie (CNRS UMR 9198), Orsay, France. Responsable : Christophe Sola “Mise en place d'une procédure de génotypage à haut débit sur microbilles.”
Mar-Sep. 2013	Stage de R&D en Microbiologie (M2), Institut de Génétique et Microbiologie (CNRS UMR 9198), Orsay, France. Responsables : Christophe Sola, Michel Gomgnimbou “Développement de la technique de typage sur microbilles des loci CRISPR de Legionella pneumophila et étude de l'épidémiologie moléculaire du complexe Mycobacterium tuberculosis et de ses résistances aux antibiotiques”
Juin-juil. 2014	Stage de Biologie Moléculaire et Biochimie (M1), Leiden Institute of Chemistry, University of Leiden, Pays-Bas. Responsable : Elisabeth Meulenbroek “Caractérisation biochimique et structurale de plusieurs homologues et mutants de l'Ultra-Violet Damage Endonuclease.”

Formation

2015-2019	Doctorat en Biophysique et Microbiologie , Sorbonne Université, Paris, France. LPENS – & IBENS, Paris, France. École Doctorale Physique en Île-de-France (ED564) – Programme doctoral Interface Pour le Vivant.
2012-2012	Master 2 Microbiologie appliquée et Génie Biologique, Université Paris Diderot, Paris, France. Mention Très Bien, Major de promotion.
2011-2012	Master 1 Biochimie, Cellules, Cibles Thérapeutiques Université Paris Diderot, Paris, France. Mention Bien (3/55).
2008-2011	Licence Sciences Biomédicales, Université Paris Descartes, Paris, France.
2006-2008	Premier Cycle d'Études Médicales I Université Paris Est ,Créteil, France.

Encadrement

Été 2017	Supervision d'une étudiante de L3 Biologie de l'ENS.

Compétences

Biologie Moléculaire	Clonage, mutagenèse dirigée, étude des protéines (western blot), PCR multiplexée, qPCR, etc.
Biochimie	Production et purification de protéines recombinantes, tests d'activité enzymatique in vitro, chromatographie HPLC et CPG, etc.
Microscopie	Épifluorescence et confocale ; TIRF.
Bactériologie, infectiologie	Génétique bactérienne, typage, infection cellulaire, etc.
Biologie cellulaire	Culture cellulaire, transfection, etc.
Informatique	Microscoft Office, Adobe Photoshop & Illustrator, ImageJ, Inkscape, MatLab.
Langues	Français et Anglais (couramment parlés, lus et écrits)

Vie associative et médiation scientifique

Oct. 2017 – Présent	*Organisation de la conférence YRLS 2018* et du Forum BIOTechno Paris 2018**.
Oct. 2016 – Présent	Chargée de médiation scientifique au Palais de la Découverte, Paris, France. Présentations sur des thèmes variés des sciences de la Vie.
Août 2016	Courte présentation de mon projet de recherche à l'émission de radio La Méthode Scientifique, France Culture, Paris, France.
2016 – Présent	*Présidente de l'association Les Chercheurs vont à l'école,, Sorbonne Université*, Paris, France. Conception et animation d'exposés scientifiques dans les écoles élémentaires.

Publications — LinkedIn — ORCID

Nous contacter

Alice Lebreton — 2017-11-24T20:42:17Z

Dynamique du dialogue bactérie-cellule

Responsable d'équipe : Dr. Alice Lebreton

Institut de Biologie de l'École normale supérieure
Pièce 036, Rez-de-chaussée
46 rue d'Ulm
75 005 Paris

e-mail
Tel : +33 1 44 32 34 62

Benoît Noël

Alice Lebreton — 2017-08-29T10:21:05Z

Ingénieur d'études en bioinformatique, Benoît Noël était en charge de l'analyse de données de séquençage -omiques complexes du laboratoire pour l'étude des mécanismes post-transcriptionnels affectant l'expression génique de cellules humaines lors de l'infection par Listeria monocytogenes.

Benoît est aussi co-développeur d'un logiciel universel de catégorisation des données de séquençage, permettant un contrôle-qualité des données expérimentales en amont de l'analyse statistique.

Expérience professionnelle

Oct. 2015 – mai 2018	CDD IE en bioinformatique, IBENS, Paris. Responsables : Alice Lebreton & Auguste Genovesio “Analyse de données de séquençage pour l'étude des mécanismes affectant l'expression génique de cellules humaines lors de l'infection par Listeria monocytogenes. ”
Fév.-juin 2015	Stage de M2, IBENS, Paris. Responsables : Auguste Genovesio & Hervé Le Hir “Mise en place d'un pipeline d'analyse pour le traitement et le contrôle de données de Ribosome Profiling.”
Juin-juil. 2014	Stage de M1 , IBENS, Paris. Responsable : Morgane Thomas-Chollier “Analyses bioinformatiques de données de ChIP-seq pour la prédiction d'éléments cis-régulateurs du gène Krox20.”

Formation

2013-2015	Master Bio-Informatique et Modélisation (BIM BMC), Mention Bien, Université Paris 6 Pierre et Marie Curie (UPMC), Paris.
2011-2013	Licence de Sciences du Vivant Mention Assez Bien, Université Paris 6 Pierre et Marie Curie (UPMC), Paris.
2009-2011	Première année commune aux études de santé (PACES), Université Paris 7 Denis Diderot, Paris
Juin 2009	Baccalauréat Série Scientifique Lycée les Pierres Vives, Carrière sur Seine (78).

Compétences

Informatique

Programmation : Python (matplotlib, pandas, …), R, Bash, C
Gestionnaires de versions : Git et Github
Utilisation d'un cluster de calcul (HTCondor)
Systèmes d'exploitation :Linux et Windows
Web : Bases en HTML5, CSS3 et PHP
Autres : LaTeX, Inkscape

Génomique

Manipulation de données de séquençage à haut-débit : pré-traitement, alignement,
analyse différentielle.

Langues

Anglais : niveau B1.

Vie associative

Sept. 2016 – mai 2017	Association “Young Researchers in Life Sciences” (YRLS). Organisation de la conférence scientifique YRLS2017 (administration du site web, production des différents visuels, organisation générale lors de l'événement).

Collaborations

Alice Lebreton — 2017-01-16T12:59:47Z

FAST fait la lumière sur la croissance de Listeria dans des vacuoles

Une collaboration transdisciplinaire entre microbiologie, chimie biologique et biophysique (Peron-Cane et al., PLoS Pathogens 2020) dans ce reportage.

Modèle étendu du cycle intracellulaire de Listeria monocytogenes dans les cellules épithéliales humaines. Mise en images © Ève Barlier, 2020.

Nous poursuivons ce projet pour mieux comprendre comment cette nouvelle niche se forme, perdure, et ses conséquences, dans le cadre du projet collaboratif LiVaLife financé par l'ANR.

Arnaud Gautier – Laboratoire des biomolécules, Sorbonne Université & Département de Chimie, ENS|PSL
Auguste Genovesio – IBENS
Zoher Gueroui – Laboratoire PASTEUR, Département de Chimie, ENS
Alessandro Pagliuso – Institut Micalis, INRAE
Pascale Serror, Cristel Archambaud – Institut Micalis, INRAE

LiVaLife — Projet de recherche collaboratif, ANR AAPG 2020
Nicolas Desprat – LPENS, Département de Physique, ENS
Marc Lecuit – Unité de Biologie de l'Infection, Institut Pasteur

MicroLife — Projet inter-thématique, inter-établissement du Labex MemoLife
Lionel Navarro – IBENS
Silvia De Monte – IBENS
Guy Tran Van Nhieu – CIRB, Collège de France
Olivier Espéli – CIRB, Collège de France

Sebastian Rupp

Alice Lebreton — 2016-11-22T15:02:07Z

Since his PhD thesis, Sebastian Rupp had been working with Listeria monocytogenes, investigating virulence factors and their involvement on cerebral infections. In the BIRD team he was focusing on cell death and translational regulation in the context of this bacterial infection.
Sebastian then decided to change gears with a second post-doc on coral symbiosis in the Guse lab in Heidelberg in Germany.
He is now working in the Netherlands as a scientific consultant for SVI, which develops the Huygens software for deconvolution of microscopy images.

Education

2012-2016	PhD thesis, University of Bern, Switzerland.
2010-2012	Master Studies in Molecular Biosciences, Ruprecht-Karls-University, Heidelberg, Germany. Major on Infectious Diseases.
2007-2010	Bachelor Studies in Biology, Ruprecht-Karls-University, Heidelberg, Germany. Major on Infectious Diseases.

Research experience

Since 2024	Scientific consultant for Scientific Volume Imaging (SVI), Hilversum, The Netherlands
2018-2024	Post-doctoral fellow, Group A. Guse, University of Heiderlberg then Ludwig Maximilian University of Munich, Germany).
2016-2017	Post-doctoral fellow, (IBENS, Group A. Lebreton). Funding : Swiss National Science Foundation. “Cell death and cap-independent translation during infection by Listeria monocytogenes”
2012-2016	PhD student, group A. Oevermann, Neurocenter, Vetsuisse, University of Bern, Switzerland. “Factors of Listeria monocytogenes involved in neurovirulence.”
2012	Master Thesis in Molecular Virology, Lab of Prof. Bartenschlager, under supervision of Dr. Binder, Department for Infectious Diseases, Heidelberg University Hospital, Germany. “Involvement of IRAK kinases in the antiviral IRF3 Pathway.”
2011	Post-graduate student in Molecular Virology, Lab of Prof. Bowie, Trinity College Dublin, Ireland. “Interaction of Vaccinia Virus Protein A52 with IRAK2/TRAF6.”
2010	Bachelor Thesis on the RIG-I pathway, Lab of Prof. Bartenschlager, Heidelberg University Hospital, Germany.
2009-2010	Part time Scientific assistant, DKFZ (German Cancer Research Center), Lab of Prof. Dr. Boutros, Germany.

Publications — LinkedIn — ResearchGate

Vinko Besic

Alice Lebreton — 2016-11-14T16:38:57Z

I completed my PhD at the University of Otago (New Zealand) focusing on insulin signalling before and after gastric bypass surgery, in which I trained as a molecular biologist with some bioinformatics experience. Throughout my PhD I became interested in the relationship between bacteria and their host, and the role of RNA in regulating physiological and pathological processes. In the team of A. Lebreton, I studied the impact of Listeria monocytogenes infection on eukaryotic mRNA translation.

Education

2008-2013	PhD in Molecular Pathology, University of Otago, Wellington, New Zealand.
2007	Post-graduate Diploma in Medical Laboratory Science (with Distinction), Specializing in Molecular Pathology, University of Otago, Dunedin, New Zealand.
2003-2006	Bachelor of Medical Laboratory Science, Specializing in Biochemistry and Microbiology, University of Otago, Dunedin, New Zealand.

Research experience

Since 2022	Scientist in the team Bioinformatics and Genomics at the Institute of Environmental Science and Research (ENS), New Zealand
2020-2021	Post-doctoral position (ESPCI)
2015-2020	Post-doctoral position (IBENS, Group A. Lebreton) Translational response of human cells to Listeria infection.
2014	Assistant Research Fellow, Department of Pathology and Molecular Medicine, University of Otago, Wellington, New Zealand.
2013-2014	Research Officer, Wakefield Biomedical Research Unit, Department of Pathology and Molecular Medicine, University of Otago, Wellington, New Zealand.
2009-2013	Part-time Medical Laboratory Scientist, Capital and Coast District Health Board, Wellington, New Zealand.
2008-2013	PhD student, Wakefield Biomedical Research Unit, Department of Pathology and Molecular Medicine, University of Otago, Wellington, New Zealand. Liver molecular mechanisms behind the remission of type 2 diabetes after gastric bypass surgery.
2007	Post-graduate student in Molecular Pathology, University of Otago, Dunedin, New Zealand. YB1, post translational modifications of p53 and cell fate.

Publications — LinkedIn — ResearchGate

Chloé Connan

Alice Lebreton — 2016-09-05T14:04:32Z

I am interested in fully understanding the relations that exist between bacteria and host and more specifically with the gut. In the BIRD team I was working on the modification of the genetic expression of host cell during an infection with Listeria monocytogenes from March 2015 to June 2017.

Education

2013	PhD in Microbiology, Faculty of Pharmacy (Chatenay, Malabry)
2010	Animal testing level II C.F.P.P.A (Vendôme Areines)
2010	Master 2 in Microbiology, Paris 7 University (Paris), Cours Pasteur
2009	Master 1 in Microbial Ecology, Lyon 1 University La Doua (Lyon 1)
2008	Bachelor's degree of Cellular Biology Aix-Marseille II University (Marseille)

Professional experience

March 2015 – June 2017 : Post doctoral position (IBENS, Group A. Lebreton)

“Study of cellular mRNA fate during an infection with Listeria monocytogenes”

Optimization of a L. monocytogenes infection model
Development of a technique to image newly transcribed RNA at the single cell level (Click chemistry)
Sample preparation of nascent RNA for RNAseq (NGS)

Other activities : organization of the Forum Biotechno (2016)

Nov 2013 – Feb 2015 : Post doctoral position (Institut Pasteur, Group M. Popoff)

“Characterization of Botulinum toxin entry into intestinal barrier”

In vivo identification of epithelial and neuronal targets
In vitro characterization of endocytotic pathway

Other activities : organization of the Forum Biotechno (2015)

Nov 2010 – Oct 2013 : PhD student (Institut Pasteur, Group M. Popoff)

“Study of the toxinogenesis and the entry of botulinum toxin into neuronal and intestinal cells”

In vitro characterization of botulinum toxin entry into neuronal and intestinal cells using imaging and biochemistry techniques
Identification of the receptors for botulinum toxin entry
Identification by mutagenesis of two-component systems involved in the regulation of toxin synthesis in C. botulinum

Other activities : organization of YRLS congress (2012) ; Treasurer of Young Researchers association (3 years) ; PhD student representative, Imaging stand holding, Pasteurdon (2 years)

2009 (3 months) : Research internship (CNRS, Lyon 1 La Doua)

“Management of Frankia sep. Collection living in symbiosis with actinorhizial plants”

2008 (2 months) : Research internship (CNRS, Marseille Joseph Aiguier)

“Identification of the protein supercomplex involved in the iron respiratory chain in A. ferooxidans”

Publications — LinkedIn — ResearchGate

Publications

Alice Lebreton — 2016-07-29T10:00:18Z

Alice Lebreton

Interactions entre Listeria monocytogenes et son hôte

Petit TJP, Guette-Marquet S, Candat A, Viry A, Desprat N et Lebreton A.^‡ 2025 Virulence priming of Listeria monocytogenes inside replication-permissive endolysosomes. bioRxiv. doi : 10.1101/2025.09.02.673654.
Corre M, Boehm V, Besic V, Kurowska A, Viry A, Mohammad A, Sénamaud-Beaufort C, Thomas-Chollier M et Lebreton A.^‡ 2023 Alternative splicing induced by bacterial pore-forming toxins sharpens CIRBP-mediated cell response to Listeria infection. Nucleic Acids Res. 51(22):12459–12475.
Petit TJP et Lebreton A.^‡ 2022. (Revue) Adaptations of intracellular bacteria to vacuolar or cytosolic niches. Trends Microbiol. 30(8):736-748.
Peron-Cane C, Fernandez J-C, Leblanc J, Wingertsmann L, Gautier A, Desprat N^‡ et Lebreton A.^‡ 2020. Fluorescent secreted bacterial effectors reveal active intravacuolar proliferation of Listeria monocytogenes in epithelial cells. PLoS Pathogens 16(10):e1009001.
Besic V, Habibolahi F,* Noël B,* Rupp S, Genovesio A et Lebreton A.^‡ 2020. Coordination of transcriptional and translational regulations in human cells infected by Listeria monocytogenes. RNA Biol. 17(10):1492-1507.
Pagliuso A^‡, Tham TN, Allemand E, Robertin S, Dupuy B, Bertrand Q, Bécavin C, Koutero M, Najburg V, Nahori M-A, Tangy F, Stavru F, Bessonov S, Dessen A, Muchard C, Lebreton A, Komarova AV et Cossart P.^‡ 2019. An RNA-binding protein secreted by a bacterial pathogen modulates RIG-I signaling. Cell Host Microbe 26(6):823-35.
Lebreton A^‡ et Cossart P.^‡ 2017. (Revue) RNA– and protein–mediated control of Listeria monocytogenes virulence gene expression. RNA Biol. 14(5):460-70.
Duval M, Cossart P^‡ et Lebreton A.^‡ 2017. (Revue) Mammalian microRNAs and long noncoding RNAs in the host-bacterial pathogen crosstalk. Semin Cell Dev Biol. 65:11-19.
Lebreton A,* Stavru F,* Brisse S et Cossart P.^‡ 2016. (Compte-rendu de conférence) 1926–2016 : 90 years of listeriology. Microbes Infect. 18(12):711-23.
Lebreton A, Stavru F et Cossart P.^‡ 2015. (Revue) Organelle targeting during bacterial infection : Insights from Listeria. Trends Cell Biol. 5(6):330-338.
Cossart P^‡ et Lebreton A.^‡ 2014. (Revue) A trip in the “New Microbiology” with the bacterial pathogen Listeria monocytogenes. FEBS Lett. 588(15):2437-45.
Lebreton A,* Job V,* Ragon M, Le Monnier A, Dessen A^‡, Cossart P et Bierne H.^‡ 2014. Structural basis for the inhibition of the chromatin repressor BAHD1 by the bacterial nucleomodulin LntA. mBio 5(1):e00775-13.
Archambaud C^‡, Sismeiro O, Toedling J, Soubigou G, Bécavin C, Lechat P, Lebreton A, Ciaudo C et Cossart P.^‡ 2013. The intestinal microbiota interferes with the microRNA Response upon oral Listeria infection. mBio 4(6):e00707-13.
Bierne H^‡, Travier L, Mahlakõiv T, Tailleux L, Subtil A, Lebreton A, Paliwal A, Gicquel B, Stäheli P, Lecuit M et Cossart P. 2012. Activation of type III interferon genes by pathogenic bacteria in infected epithelial cells and mouse placenta. PLoS One 7(6):e39080.
Lebreton A, Cossart P et Bierne H.^‡ 2012. (Revue) Bacteria tune interferon responses by playing with chromatin. Virulence 3(1):1319-21.
Lebreton A, Lakisic G, Job V, Fritsch L, Tham TN, Camejo A, Matteï P-J, Regnault B, Nahori M-A, Cabanes D, Gautreau A, Ait-Si-Ali S, Dessen A, Cossart P^‡ et Bierne H.^‡ 2011. A bacterial protein targets the BAHD1 chromatin complex to stimulate type III interferon response. Science 331(6022):1319-21.

Régulation de l'expression des gènes humains et outils d'analyse

Corre M et Lebreton A.^‡ 2023. (Revue) Regulation of cold-inducible RNA-binding protein (CIRBP) in response to cellular stresses. Biochimie 217:3-9.
Bahin M,* Noël BF,* Murigneux V, Bernard C, Bastianelli L, Le Hir H, Lebreton A^‡ et Genovesio A.^‡ 2019. ALFA : annotation landscape for aligned reads. BMC Genomics. 20(1):250.
Lakisic G, Lebreton A,* Pourpre R,* Wendling O, Libertini E, Radford EJ, Le Guillou M, Champy MF, Wattenhofer-Donzé M, Soubigou G, Ait-Si-Ali S, Feunteun J, Sorg T, Coppée JY, Ferguson-Smith AC, Cossart P et Bierne H.^‡ 2016. Role of the BAHD1 chromatin-repressive complex in placental development and regulation of steroid metabolism. PLoS Genet. 12(3):e1005898.
Libertini E, Lebreton A, Lakisic G, Dillies M-A, Beck S, Coppée J-Y, Cossart P et Bierne H.^‡ 2015. Overexpression of the heterochromatinization factor BAHD1 in HEK293 cells differentially reshapes the DNA methylome on autosomes and X chromosome. Front Genet. 6:339.

Autre sujets de recherche en microbiologie ou virologie

Poydenot F, Lebreton A, Haiech J et Andreotti B. 2023. (Revue) At the crossroads of epidemiology and biology : Bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics. Biochimie 213:54-65.
Chekli Y, Peron-Cane C, Dell'Arciprete D, Allemand J-F, Li C, Ghigo J-M, Gautier A, Lebreton A, Desprat N et Beloin C. 2020. Visualizing the dynamics of exported bacterial proteins with the chemogenetic fluorescent reporter FAST. Sci Rep. 10(1):15791.
Aubry M, Wang W-A, Guyodo Y, Delacou E, Guignier JM, Espéli O, Lebreton A, Guyot F et Gueroui Z. 2020. Engineering E. coli for magnetic control and the spatial localization of functions. ACS Synth Biol. 9(11):3030-3041.
De Azevedo Wäsch SI, van der Ploeg JR, Maire T, Lebreton A, Kiener A et Leisinger T.^‡ 2002. Transformation of Isopropylamine to L-Alaninol by Pseudomonas sp. Strain KIE171 Involves N-Glutamylated intermediates. Appl Environ Microbiol. 68:2368-75.

Activité et régulation de l'exosome eucaryote

Gudipati RK, Xu Z, Lebreton A, Séraphin B, Steinmetz LM, Jacquier A et Libri D.^‡ 2012. Extensive degradation of RNA precursors by the exosome in wild type cells. Mol Cell 48(3):409-21.
Lebreton A,* Rafal T,* Dziembowski A^‡ et Séraphin B.^‡ 2008. Endonucleolytic RNA cleavage by a eukaryotic exosome. Nature 456(7224):993-7.
Lebreton A et Séraphin B.^‡ 2008. (Revue) Exosome-mediated quality control : Substrate recruitment and molecular activity. Biochim Biophys Acta 1779(9):558-65.

Dynamique de la biogenèse des ribosomes chez Saccharomyces cerevisiae

Lebreton A, Rousselle J-C, Lenormand P, Namane A, Jacquier A, Fromont-Racine M et Saveanu C.^‡ 2008. Large ribosomal subunit assembly dynamics defined by semi-quantitative mass spectrometry of purified complexes. Nucleic Acids Res. 36(15):4988-4999.
Pertschy B, Saveanu C, Zisser G, Lebreton A, Tengg M, Jacquier A, Liebminger E, Nobis B, Kappel L, van der Klei I, Högenauer G, Fromont-Racine M^‡ et Bergler H.^‡ 2007. Cytoplasmic recycling of 60S pre-ribosomal factors depends on the AAA-protein Drg1. Mol Cell Biol. 27(19):6581-92.
Lebreton A. 2006. Dynamique des facteurs pré-ribosomiques au cours de la biogenèse de la grande sous-unité ribosomique chez S. cerevisiae. Manuscrit de thèse.
Lebreton A, Saveanu C, Decourty L, Jacquier A et Fromont-Racine M.^‡ 2006. Nsa2, an unstable, conserved factor required for the maturation of 27SB pre-rRNAs. J Biol Chem. 281(37):27099-108.
Lebreton A, Saveanu C, Decourty L, Rain J-C, Jacquier A et Fromont-Racine M. 2006. A functional network involved in the recycling of nucleo-cytoplasmic pre-60S factors. J Cell Biol. 173(3):349-60.
Saveanu C, Namane A, Gleizes P-E, Lebreton A, Rousselle J-C, Noaillac-Depeyre J, Gas N, Jacquier A et Fromont-Racine M.^‡ 2003. Sequencial protein association with nascent 60S ribosomal particles. Mol Cell Biol. 23(13):4449-60.

Publications destinées au grand public

Lebreton A. Depuis 2018. Chroniques « Carte blanche » en biologie dans le cahier science et médecine du Monde.
Lebreton A. 2024. Peut-on faire revivre les dinosaures ? Dans : Jurassic Park et les sciences. Belin.
Simon A. et Lebreton A. 2023. Quel vivant voulons-nous pour demain ? Entretien croisé à l'occasion de la première Biennale du vivant.
Lebreton A. 2022. Les vies intracellulaires de Listeria : quand savoir nous aveugle. Cahiers de l'incertitude.
Reportage 2020. Étiqueter les protéines exportées par les bactéries invasives pour les suivre à la trace. Vu·es d'Ulm.
Lebreton A. 2020. Comment savons-nous de quoi nous sommes malades ? Vu·es d'Ulm.
Lebreton A, Bierne H et Cossart P. 2012. Les multiples stratégies de Listeria. Pour la Science (412):42-9.
Lebreton A. 2009. La mise en évidence du bacille de la peste par Alexandre Yersin, Hong-Kong 1894. bibnum.
Lebreton A. 2004. La génétique et les lois de l'hérédité. Encyclopédie Clartés. 6020:1-22.

‡ Auteurs ressources.
* Contribution équivalente.

Alice Lebreton

Alice Lebreton — 2016-07-29T07:54:36Z

Les recherches de mon équipe portent sur la dynamique de la vie intracellulaire de la bactérie pathogène Listeria monocytogenes, et du dialogue moléculaire qu'elle entretient avec la cellule hôte. Nous étudions en particulier les mécanismes de régulation de l'expression des gènes de la cellule infectée et leurs conséquences.

Groupe Dynamique du dialogue bactérie-cellule
Institut de Biologie de l'École normale supérieure (IBENS)
UMR CNRS 8197, Inserm 1024
46 rue d'Ulm
75005 Paris

Courriel
Tel : 01 44 32 34 62
Fax : 01 44 32 39 41

Carrière de recherche

Depuis 2015	Responsable d'équipe à l'IBENS, DR2 INRAE depuis 2022, HDR. “Régulations post-transcriptionnelles de l'expression génique de la cellule hôte en réponse à l'infection bactérienne.”
2008-2014	Chargée de recherche INRA à l'Institut Pasteur, Paris, unité P. Cossart, groupe H. Bierne. “Subversion chromatinienne et régulation de l'expression des gènes de l'hôte par Listeria monocytogenes.”
2006-2008	Post-doctorat au Centre de Génétique Moléculaire du CNRS à Gif-sur-Yvette, équipe B. Séraphin. “Activités de l'exosome eucaryote et contrôle-qualité nucléaire des ARN.”
2002-2006	Doctorat à l'Institut Pasteur, équipe A. Jacquier, supervision M. Fromont-Racine. “Aspects dynamiques de la biogenèse des ribosomes chez la levure Saccharomyces cerevisiae.”
2000	Échange Erasmus à l'Institut de Microbiologie de l'ETH de Zürich, laboratoire de Th. Leisinger. “Transformation de l'isopropylamine en L-alaninol par Pseudomonas.”
1999	Stage d'été à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière. “Histologie d'un modèle murin de la maladie de Parkinson.”

Enseignement

Depuis 2023	Membre de l'équipe enseignante (assimilée professeure) au département de biologie de l'École normale supérieure. Responsable du M2 IMaLiS de l'ENS. Co-responsable du cours Frontières des systèmes microbiens du M2 IMaLiS
Depuis 2014	Enseignements à l'ENS, UE Biologie moléculaire de la cellule (L3) et depuis 2021, UE Génomique fonctionnelle (L3).
Depuis 2011	Enseignements à l'ENS Paris-Saclay, M1 Biologie et santé, UE Biologie cellulaire des interactions hôte-bactéries invasives et L3, UE Grandes découvertes en biologie.
2019-2022	Jury de l'épreuve orale de biologie du concours d'entrée de l'École normale supérieure.
2014-2020	Professeure chargée de cours à l'École normale supérieure. Responsable de l'UE Biologie moléculaire de la cellule pour non biologistes de l'ENS (L3 à M2) de 2014 à 2018. Co-responsable du cours Frontières des systèmes microbiens du M2 IMaLiS de 2015 à 2020.
2017-2018	Responsable du parcours Biologie fondamentale pour la santé du M2 IMaLiS de l'ENS.
2002-2005	Monitorat à l'Université Paris 7 : travaux dirigés et pratiques d'immunologie (L2, L3).

Diffusion

Depuis 2018	Chroniques « carte blanche » de biologie dans le cahier science et médecine du Monde.
Depuis 2014	Conférences grand public sur la piraterie cellulaire par Listeria, l'expression des gènes, l'histoire des sciences, les liens entre microbes et climat ; ateliers grand public L'épidémie dont vous êtes les héros ; conférences-débats lors de ciné-clubs ; participation à des émissions de radio (France Culture 2020, 2025, RFI).
2024	Peut-on faire revivre les dinosaures ? Dans : Jurassic Park et les sciences. Belin.
2023	Quel vivant voulons-nous pour demain ? Entretien croisé avec Anne Simon, chercheuse en zoopoétique, à l'occasion de la première Biennale du vivant.
Et...	quelques autres expériences.

Formation

2002-2006	Doctorat de Microbiologie-Virologie de l'Université Paris 7, école doctorale B2M.
1998-2002	Élève à l'École normale supérieure de Cachan (désormais ENS Paris-Saclay), agrégation de Biochimie – Génie Biologique. Licence et Maîtrise de Biochimie Moléculaire et Cellulaire puis cours Pasteur et DEA de Microbiologie-Virologie de l'Université Paris 7.

Publications — HAL archive ouverte — ResearcherID — ORCID— Vidéos sur Savoirs ENS

IBENS - ENS

Publications

Interactions entre Listeria monocytogenes et son hôte

Régulation de l'expression des gènes humains et outils d'analyse

Autre sujets de recherche en microbiologie ou virologie

Publications destinées au grand public

Caroline Peron Cane

Expérience de recherche

Formation

Encadrement

Compétences

Vie associative et médiation scientifique

Nous contacter

Dynamique du dialogue bactérie-cellule

Responsable d'équipe : Dr. Alice Lebreton

Benoît Noël

Expérience professionnelle

Formation

Compétences

Vie associative

Collaborations

FAST fait la lumière sur la croissance de Listeria dans des vacuoles

LiVaLife — Projet de recherche collaboratif, ANR AAPG 2020

MicroLife — Projet inter-thématique, inter-établissement du Labex MemoLife

Sebastian Rupp

Education

Research experience

Vinko Besic

Education

Research experience

Chloé Connan

Education

Professional experience

March 2015 – June 2017 : Post doctoral position (IBENS, Group A. Lebreton)

Nov 2013 – Feb 2015 : Post doctoral position (Institut Pasteur, Group M. Popoff)

Nov 2010 – Oct 2013 : PhD student (Institut Pasteur, Group M. Popoff)

2009 (3 months) : Research internship (CNRS, Lyon 1 La Doua)

2008 (2 months) : Research internship (CNRS, Marseille Joseph Aiguier)

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Alice Lebreton

Interactions entre Listeria monocytogenes et son hôte

Régulation de l'expression des gènes humains et outils d'analyse

Autre sujets de recherche en microbiologie ou virologie

Activité et régulation de l'exosome eucaryote

Dynamique de la biogenèse des ribosomes chez Saccharomyces cerevisiae

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Carrière de recherche

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